在前作中，主人公越前龙马和青春学园成功夺得了全国大赛的冠军，故事也就此暂告一段落。本次的《新网球王子》的剧情便是紧接着前作的最终回，从全国大赛数月后说起。从美国回来的龙马接受了更加严苛的训练，表示日本
由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠
高中生夏目本来可以拥有平凡的高中生活，但是，他却能看到妖怪，并因此而苦恼。很多次，他都差点被妖怪夺去性命。 一次偶然的机会，夏目巧遇猫神。猫神告诉他，夏目的外婆玲子有一本“友人帐”上面记录了所有被玲子打败的妖怪的名字，玲子死后，妖怪为夺回名字，才纠缠夏目。只有把妖怪的名字还给他们，夏目才能恢复宁静的生活。
全国大赛完结以后，越前龙马（皆川纯子 配音）回到了美国，但因为一封从日本来的信让龙马速速回来。原来日本U—17高中生网球集训首次在初中生当中选拔。而在全国大赛表现十分优异的青春、冰帝、不动峰等学园的优秀选手都获得了这项集训的资格。赶上了末班车的龙马有了更加广阔的展示空间，从初中生跨越到高中生，龙马等一行人即将面临的是更强的选手，网球王子们再度归来，华丽更甚，招数也更加令人眼花缭乱……
在人类的心理状态和性格倾向都能被数值化的未来。所有的感情、欲望、社会病态心理倾向等全部被“西比拉系统”记录并管理，大众以“好的人生”作为目标，竭力于数值性地实现它。
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